Pravidla vyvěšování vlajek na námořním plavidle nebo rekreační jachtě stanovuje Vyhláška Ministerstva dopravy č. 277/2000 Sb. (o užívání vlajek).
Státní námořní vlajky
Tyto vlajky signalizují zemi původu dané země a vyvěšují se na záď lodi nebo na vrcholek zadního stěžně. Pokud je loď v přístavu a posádka na palubě, vyvěšuje se vlajka od 8 hodin (eventuelně od 9 hodin v zimním období) do západu slunce, nejpozději však do 21 hodin. Na noc se stahuje. Během plavby bývá státní námořní vlajka obvykle vyvěšena a její spuštění respektive vyvěšení přes noc je zcela na libovůli posádky resp. kapitána. Vlajka se nevyvěšuje při závodech nebo pokud posádka není na lodi. Státní vlajky se také využívají k zdravení mezi loděmi, což je součástí námořní etikety. Za povinné se považuje zdravení válečných lodí vlastního i cizího státu. Cizí loď se zdraví spuštěním státní vlajky na půl žerdi, kde se ponechává až do proplutí zdravené lodi. Druhá loď by vám měla spuštění vlajky opětovat.
Signální vlajky
Vlajky slouží ke vzájemnému dorozumívání mezi plavidly již několik staletí. Ani v technickém věku by se neměla znalost námořní vlajkové abecedy podceňovat, ta může v extrémních situacích pomoci z nouze. Námořní vlajková abeceda je užívaná k vizuálnímu dorozumívání na dálku již po několik století, přičemž jednotlivé kódy a vlajky měnily v průběhu staletí svou podobu. Abeceda je využívána především v námořní dopravě vzájemně mezi loděmi anebo loděmi a přístavy. Ve své konečné podobě byla námořní vlajková abeceda ustanovena v roce 1931. Před vynálezem krátkovlnné vysílačky to byl v podstatě jediný efektivní způsob komunikace na dálku. Kód je tvořen celkem čtyřiceti vlajkami, z nichž 26 představuje písmena, 10 číslice, jedna vlajka je potvrzovací a tři opakovací. Jednotlivé vlajky kromě písmene abecedy mohou představovat také konkrétní naléhavé sdělení, jejichž nejběžnější význam je uveden v tabulce zde.
Vlajkosláva
Při zvláštních příležitostech, jako jsou regaty či oslavy v přístavech, se využívá hromadné vyvěšení všech vlajek námořního kódu do jedné řady. Celá může být ozdobena loď pouze v přístavu, také se tomu říká „velká vlajkosláva“. Malá vlajkosláva se využívá při plavbě nebo kotvení v přírodním přístavišti. Při té je loď ozdobena vlajkami pouze na stěžních.
