Udílení vlajek a znaků regionů, měst i obcí je v pravomoci předsedy poslanecké sněmovny Parlamentu ČR, který tak činí na základě doporučení výboru pro vědu, vzdělávání, kulturu, mládež a tělovýchovu. Součástí tohoto výboru je podvýbor pro heraldiku a vexilologii, který je složen z poslanců parlamentu a expertní skupiny odborníků. Registr komunálních symbolů ČR (systém REKOS), spravovaný Parlamentem ČR, zajišťuje centrální evidenci informací o obecních symbolech České republiky. Databáze REKOS obsahuje 3480 obcí (3426 vlajek, 3071 znaků) a je stále doplňována.
Vlajky krajů
Do vlajek všech krajů ČR jsou jsou zakomponovány jejich oficiální znaky (vlajky krajů ve formátu png jsou zde).
Vlajky městských částí
Určování pravidel jejich užívání je v kompetenci městských úřadů resp. magistrátů, viz např. vlajky 29 městských částí Brna zde.
